众所周知，新药的研究与开发是一项庞大、复杂的系统工程，将一个全新的化合物开发成具有一定治疗作用的新药，是需要经历漫长的过程，并花费大量的金钱和时间，同时涉及多种门类与学科，如化学合成、分析化学、制剂学、包装材料学、生物学、药理学、毒理学、病理学、药物及读物代谢动力学、临床医学、统计学等等。下面将罗列生物医药数据库在新药研发关键流程中的部分应用体现。
1、药物靶点的确认
过去，药物研发始终受限于数量相对较少的“可成药”靶点，但近年来，随着基因组分析领域取得的诸多进展，这一状况已得到巨大改观，新的药物靶点不断涌现。而选择靶点是所有研发工作的开始。只有确定了靶点，后续所有的工作才有展开的依据。确定靶标和靶标分析需要基于治疗的疾病，做大量的文献调研和生物信息分析，从基因序列到晶体结构，从基因组学到蛋白质组学。这一阶段整理的信息特别重要，如果由人工对所有海量的碎片化数据进行整理分析是不准确及耗费大量时间的，而且在数据整理上花费过多时间成本，也会间接增加其他相关成本，这些原因都将直接影响到新药研发的全流程。
药融云数据库所以这时候需要利用一键数据检索及可视化展现等自动化工具，拿药融云全球数据库来说，其可以提供药物研发临床前的研发代码、靶点信息、结构式文献信息、工艺数据、专利信息等关键数据，并涵盖全球药物的最新研发状态以及+条全球药物研发数据，研发者可以通过药物名称、研发代码、研发企业、适应症、治疗领域、靶点等解锁到药物的详细信息及资料，从而助力药物靶点的快速确认，在整个药物研发流程节点中，抢先占领研发竞争优势。
2、模型的确立
确定靶点以后，需要建立生物学模型，以用于筛选和评价化合物的活性，需要制定出筛选标准，一般试验模型标准大致为：化合物体外试验的活性强度；动物模型师傅欧能反应人体相应的疾病状态；药物的剂量--效应关系等等。可定量重复的体外模型是评价化合物活性的前提，近几年来，为了规避药物开发的后期风险，一般同时进行药物的药代动力模型评价、药物稳定性试验等。
3、先导化合物的发现
新药研制的第三步是先导化合物的发现，所谓先导化合物，又称新化学实体，指通过各种途径和方法得到具有某种生物活性或药理活性的化合物。一旦选定了药物作用的靶向目标，药学家则首先要找到一个对该靶标有作用的化合物，这个化合物可以来自天然产物（动物、植物、海洋生物）；也可以是根据靶标的空间结构，计算机模拟设计、合成的化合物；还可以根据文献报道或以前其它项目的研究发现。比如，某一类化合物具有作用于该靶标的药理活性或副反应等等。治疗勃起障碍的药物Viagra就是由其副作用开发而成。目前国内常用的方法是跟踪国外研发机构对某一靶标的药物开发，以他们的化合物作为先导，从而设计出更优秀的化合物。由此可以看到，类似于药融云研发数据库的工具，对于药物研发至关重要，同时也是掌握全球药物研发动态的重要渠道，因为此类数据库无论是数据广度还是专业深度都是很高的，同时覆盖面广、数据量大并拥有实时更新的功能，可以帮助研发者一键追踪药物的国际化开发进程，起到数据支撑和服务支持的作用。
药融云数据库4、临床前研究
候选药物确定后，新药研发就进入开发阶段，药物开发第一阶段的目标就是完成临床前的毒理学研究，向药监部门提交“实验用新药”申请。新药开发需要多学科的协作，比如合成工艺，毒理学，药理学，药代动力学，制剂，等等各学科的协作。
5、临床研究
当一个化合物通过了临床前试验后，需要向药监部门提交新药临床研究申请，以便可以将该化合物应用于人体试验。新药临床研究申请需要提供先前试验的材料以及计划将在什么地方、由谁以及如何进行临床试验的说明、新化合物的结构、给药方式、动物试验中发现的所有毒性情况、该化合物的制造生产情况等。
6、新药申请
完成所有阶段的临床试验并分析所有资料及数据，药物的安全性和有效性得到了证明，新药持有人则可以向药监部门提交新药申请。新药申请需要提供所有收集到的科学资料。通常一份新药申请材料可多达页，甚至更多。
可以从严谨又复杂的研发流程中看到，新药研发确实存在周期长、投入大、成本高、需要多学科、多专业配合等问题，但是如果一个新药研发机构能够合理利用各类大数据系统智能信息，并且各专业职能部门配套合理，各专业人员既能做好本职工作，又注重各专业间的配合和与药监局的及时沟通，科学的管理研发项目，根据约定的项目关键时间节点及时协调各个职能部门的工作，那么药物研发项目是完全可以按计划有序并高效的进行开展。
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